本館建築設計概念係以表達水的精神，強調人與海是可以共存的理念規劃，整個展示館外型為巨大的波浪造型，而且一波接著一波，本館陸續推動之相關建設，將秉持此源源不絕之設計理念，推動而行。
本館之展示內容分為二大主題，第一展示館稱為「台灣水域館」，為一仿自然生態的水族館，主要在呈現台灣地區特有之水的精神與旅程，從瀑布入口，即以高山溪流區、河川中游區、水庫區、河口區、潮間帶區、南灣生態區及東部大洋區為止，共有十餘段不同的生態及生物相，其中尤以東部大洋區之大洋池擁有高五公尺、長十六公尺之觀景窗，用以展現大洋的深邃宏偉，最為引人入勝；第二展示館於九十年七月二日開放參觀，以南中國海之珊瑚生態為主軸，稱為「珊瑚王國館」。進入該館，首先為四大珊瑚缸之「珊瑚展示區」映入眼前，該區係以淺海至深海之方式，依珊瑚之類型為分類，使民眾容易比較及瞭解；隨即進入第二主題「海底隧道」區，民眾透過長達八十四公尺之壓克力隧道欣賞珊瑚礁世界，不用潛水亦能置身海底，提供民眾參觀海底世界之便利；接著進入白鯨展示池，提供民眾新穎的參觀內容及體驗，另本館目前以人工方式，於室內養殖珊瑚，其活體珊瑚之精華，即展現於第二個展示館之「珊瑚展示區」。
另本館於九十一年七月六日開放遊客中心，同年八月一日再開放太平洋親水廣場，提供民眾更多之休憩空間及品質。
又八十五年七月起本館受行政院農業委員會委託成立「鯨類復健中心」，每年投入協助收容及救助受傷擱淺鯨豚的人力無數，另為收容、照護保育類野生水生生物，已陸續救治及野放海龜多隻，對於提升我國保育野生動物的國際形象及聲譽甚有助益，本館為國內唯一合法展示海龜的水族館，對海龜救治及保育推動等工作，亦投入良多。
在展示之外，本館為進行養殖技術及人才之培訓，並收集展示生物，建立生物飼養條件及基本資料，目前已成功飼養三百多種、五千多尾各式各樣淡、海水生物，同時亦設置專業標本室、共用實驗室、電顯室、分生實驗室等各項研究設備，這些成果均是未來水族展示、資源培育及學術研究的重要基礎。
在電子網站上，本館網址：http://www.nmmba.gov.tw，提供全世界人士一搜集相關海洋資訊之管道，內容區分為「最新訊息區」、「行政中心區」、「展館導覽區」、「科學教育區」、「兒童網站區」、「禮品書屋區」及「圖書館區」多項內容，包含本館沿革、組織暨功能目標、推動活動、訪客留言、展覽、新聞報導、線上民調、海生館簡訊、海洋生態攝影展、特展訊息、交通及旅遊資訊、海生館專欄、水中生物專區、出版品介紹、台灣海洋生態資源學習網、網路大會考、常見問答集等多項內容，並隨時更新活動資料，其中設置訪客留言，針對民眾意見隨時改進，精益求精，另「兒童網站區」以多種漫畫方式，吸引兒童之目光，以培養對海洋生物之興趣。
做為一個現代化的博物館，本館一直秉持必須有高效能的行政，高品質的服務，建立凡事以顧客為服務導向，處處以客為尊的服務理念，而本館所扮演的社會角色，是將海洋教育與民眾休閒相結合，本館全體同仁更是以「親民、愛民、便民」的服務熱忱相互勉勵，一切以便民、利民為前提，時時刻刻將「提高服務品質」作為服務您的要求，達到為民服務的目標。 |