館長 / 王維賢：統籌管理館務。
 
副館長 / 陳啟祥：協助管理館務。
 
企劃研究組 / 樊同雲：負責本館海洋生物基礎科學之實驗與研究，開發相關生物科技之應用與創新，提升本館學術研究領域之水準並推動本館與其他學術單位進行交流。

生物馴養組 / 張文柄：展示生物之取得、馴養、繁衍、研究、疾病管理。展示水槽水質之檢驗分析及維生系統改良與研發等。
 
科學教育組 / 陳汶珍：負責推廣博物館之海洋生物科普教育。工作包括展場教育、學校相關教育、社區及社會教育服務、志工培訓、出版及教材教具研發等。
 
展示組 / 陳啟祥：負責本館展示主題及特別展示之擬定與規劃、展示構件機具維護工作之監督管理。本館對外網站業務之規劃管理，以及本館典藏蒐集與數位典藏業務之執行。
 
工務機電組 / 黃清雲：本館各項供電、機電機械設施之維護，土木營繕、建築維護、新建工程及消防環工安全之規劃與執行等事項。
 
秘書室 / 蕭金康：辦理本館各項庶務、採購、出納、財產、車輛、保管、法制、研考、文書、機要、印信典守及館內各項資訊業務之推動與執行，配合業務單位的需求進行全館資訊系統之規劃、建置、協調與維護。並負責全館資訊設施軟硬體之維護與其他不屬於各組室事項。
 
會計室 / 曾芳委：依法辦理本館歲計、會計及統計業務；推動實施館務基金；審核建教合作財務業務；BOT廠商財務監督；負責本館教育基金會會務運作。
 
人事室 / 楊桂榮：組織編制、人員任免、陞遷訓練、退休、撫卹、養老、保障、褒獎、福利、俸給、考績…等等人事服務事項。
 
政風室 / 黃盈達：依法辦理本館政風、安全事項，主要功能在確保機關優良行政文化與風氣。

產學合作中心 / 李展榮：整合館內不同領域進行跨學門之研究。推動本館與國內外相關機構及產、官、學、研等相關單位之合作事宜，以及其他有關建教合作事項，並籌資海生館生物科技研究資金。
 
水族館部（海景世界有限公司）/ 鄭宜芳：
負責展場各項業務之經營管理，包括解說導覽、活動推廣、遊客服務、賣場管理、展場清潔、安全監控、展示生物蓄養與管理、機電維生各系統之管理與維護。並負責世界水域館之規劃興建。