【上游過度用水，讓湖泊範圍逐漸變小】
許多人造的水庫都建在湖泊的河流上，使得流入湖泊的水越來越減少，造成湖泊乾旱、萎縮、水質變差，另外更會讓湖泊生態消滅，影響人類的生存和發展。
【大量的污水及垃圾造成湖泊優養化】
在河流的上游周圍都有養殖許多的豬、雞、鴨和蔬菜，因此許多的排泄物、肥料、污水及垃圾流入湖泊中，使得湖泊營養鹽過多，加上夏季及春季日光充足，就會讓植物性浮游生物大量繁殖起來，這樣湖泊中的魚兒呼吸不到新鮮的氧氣時就會死亡，導致湖泊自然生態也就不平衡了。
【大水庫的興建及過度捕撈造成湖泊魚類消失及下降】
由於興建水庫或攔水壩會讓洄游性和半洄游性魚類的通道被阻擋，原本要洄游的魚類也無法進入湖泊中，使得魚類的自然資源下降，另外，人類過度捕抓魚類，會讓魚類造成湖泊中只有一種魚類，而且魚類體型會越來越小，讓魚類產量減少和商品的價值隨之下降。
【外來種與放生】
外來種生物的引入，最直接的危害就是掠食當地原生物種，造成原生物種族群數量減少甚至可能會是絕滅。如果被引進外來種生物其生態習性與原生物種相似，就會與原生物種發生競爭現象，且外來種生物一旦適應當地生態環境後，在缺乏天敵或人為控制情況，繁殖能力強的物種，短時間內即可快速增加數量，導致生態系統失去平衡。而起不同地區的病原體也有可能會隨著生物個體傳播到其他地區，讓其他地區沒有免疫力的生物遭受到感染，最嚴重也有可能會讓該地區的物種滅絕。
目前部分宗教團體的放生活動，雖然是出自於慈悲的心，但若是沒有了解不同地區的生物之間互動情形，而在錯誤的地點進行放生活動，對當地生物也算是外來種。也由於放生活動會有經濟上的利益，讓許多不肖商人不斷地捕捉野生動物，動動物來說也是一種痛苦。
【湖泊水泥化】
在台灣地區，為了人民身家財產的安全，避免水患發生，就將河岸、海岸以水泥覆蓋，保持河道、海岸的完整性。然而水泥與一般的河岸、海岸比起來，屬於較堅固且平滑的物質，除了少數的附著型生物，其他底棲生物將無法利用水泥來生存，且水泥的吸熱快，會比自然的河岸、海岸更容易使溫度的上升，讓生物無法適應環境的變化，進而造成族群的減少或消失。
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