關於研究與保育 Research and Conservation
除了水族館展示之外，在海生館裡也有一群科學家在進行各樣海洋生物研究。本館有兩棟研究大樓、一間水族中心以及各樣研究設備，供研究人員進行多種海洋生物的基礎生物學、生態、繁養殖、保育與生物科技的研究。海生館是國內最大的海洋生物專業研究單位，並積極與國內外各大學及研究機構進行學術合作交流。在海洋生物保育方面，本館自1997年起被政府賦予海洋野生動物救傷及收容中心的任務，主要針對鯨豚類及海龜，以我們的專業人員及設施為海洋生物保育提供實質的貢獻。
自2005年起，海生館與位於花蓮的國立東華大學合作成立海洋科學院，下有『海洋生物科技研究所』及『海洋生物多樣性及演化研究所』，兩研究所於2014年合併而成『海洋生物科技研究所』。此舉開創了屬於社會教育的國立社教館所與屬於高等教育範疇的國立大學合作之先河。東華大學將海科院設立於屏東縣車城鄉的海生館內，使研究所學生直接受教於海生館的海洋專業師資，並學習使用齊備的高階研究設施及儀器，從事具有本土性、獨特性及前瞻性的海洋生命科學研究。此外，藉由創新育成中心的運作，海生館得以將研發成果轉化為各項專利及商品，創造市場價值。