 福壽螺（郭美貞攝） |
 布袋蓮繁生，阻塞水道
（金門雙鯉濕地，郭美貞攝） |
1、水源污染：池塘和其他水域生態系一樣，都具有自淨的能力，能分解、消耗水中的物質，但是過量的工業廢水、家庭污水以及農業施用的肥料、農藥排放到池塘中，已經遠遠超過池塘本身能自淨的負荷量了，於是有毒物及營養鹽不斷累積，有毒物質直接的造成池塘中的生物死亡，而過量的營養鹽讓水中藻類繁生，大量消耗水中的氧氣，也就是池塘「優養化」了，漸漸的也會造成生物的死亡，讓池塘生態系瓦解。
2、入侵外來種的干擾：福壽螺、大肚魚、布袋蓮（布袋蓮）、水芙蓉等是現在台灣大多數的池塘常見的生物，這些生物的共同點是牠們都屬於「入侵外來種」，這些外來的客人，在台灣沒有天敵，生長良好又繁殖迅速，霸佔台灣池塘原有的生物的生存空間，讓池塘的原住民活不下去，原本生意盎然的池塘生態，因為這些入侵外來種的危害，變得越來越單調。
3、池塘棲地破壞：台灣大部分池塘的形成，是為了方便人類取得水源，科技的進步讓人類不再依賴池塘的蓄水能力，許多池塘被填平而消失，生活其中的生物也跟著消失，其中有不少是珍貴的特有種生物，像是台灣萍蓬草。剩下的池塘，則有許多面臨水泥化的危機，被鋪上水泥的池塘，同樣讓許多生物失去賴以維生的棲地。