本館以保育海洋生態的職志出發，以「複製生態系」為推動重點，採用人工的方式復原或創造生物的生存環境，並有突破性的研究成果。
複製生態系，指的是人類模仿自然生態系統的結構與功能，並加以利用改善生活的方式。舉一個簡單的例子，過去是以人工水塘畜養天然河流裡捕捉的魚隻，並培育特定魚種。海生館目前更以人工魚礁的方式為物種建立棲地，培育經濟性魚類資源，讓海洋生物不致因捕捉而資源枯竭。
除此之外，複製生態系已不僅用於改善生活，更用於生態保育，以海洋生態系而言，複製生態系的重點則著重在棲地、水流、水質、生物組成與功能的結構，讓生產力、食物網、能量轉換、物質循環等方面都類似天然生態系。海生館目前已成功在陸地以人工方式複製大型且複雜的海洋生態系 --「珊瑚礁生態水箱」，能大量減少野生珊瑚採集的數量，減少對海洋環境的破壞