大事紀
七十七年九月教育部成立海洋博物館規劃小組，選定屏東縣車城鄉為海生館館址
七十八年八月教育部聘方力行教授為規畫籌建小組召集人
八十年六月國立海洋生物博物館籌備處於高雄成立，聘方力行教授為籌備主任
八十三年十一月十九日建館基地整地工程動土典禮，教育部郭為藩部長親臨
八十六年二月第一期建築新建工程（臺灣水域館）開工
八十八年八月第一期建築增建工程（珊瑚王國館）開工
八十八年九月二十一日台灣中部大地震，本館籌備處由高雄搬遷至屏東車城鄉館址
八十八年十二月卅日第一期新建硬體工程（臺灣水域館）完工，進行水族生物馴養
八十九年二月二日本館正式成立，教育部聘原籌備處主任方力行博士為首任館長
八十九年二月廿五日「臺灣水域館」整體竣工，二月廿六日開始試運轉，並實施公益開館對外開放
九十年四月卅日「珊瑚王國館」竣工
九十年七月一日由民間廠商興建之第三停車場、遊客中心完成開放
九十三年二月第三展示館「世界水域館」正式開工
九十四年濕地公園完工
九十五年第三展示館「世界水域館」開始試營運，並於四月廿八日開館
九十五年八月王維賢教授接任館長
一〇一年通過環教場域認證
一〇二年鯨典館正式落成開放
一〇四年陳啟祥教授接任館長
建館目標
陸地上的環境早已讓人類破壞的差不多了，佔地球面積百分之七十的海洋，勢必成為未來發展的新空間，但是如果不瞭解它，就不會去親近，更不會去保護，遑論永續經營管理、利用了。
因此，國立海洋生物博物館的建立除了為達成國家既定的教育、文化、經濟與休憩目標外，我們更希望在對自然的尊重，對環境的愛護，甚至對人類明日世界的展望上，都能盡到自己最大的心力。
海洋生物博物館在國內教育文化建設中，是極為重要的一環。其建館目標可歸納為六個項目：
- 教育性-提供海洋及水域資訊，實現各階層終身教育理念。
- 學術性-以學術研究建立長遠基礎。
- 娛樂性-藉推動展示達到寓教於樂的目的。
- 國際性-聯合國際組織，建立國際聲譽，加強資訊交換流通。
- 社區性-協助提昇地區民眾文化、知識及生活品質。
- 保育性-提昇海洋環境與生物的保育觀念與技術。