本館於1996年尚在籌建階段時即受行政院農委會委託執行「鯨類擱淺救援與處理計畫」，即開始擱淺鯨類之照護。1997年申請成立「水生生物收容中心」，協助各縣市地方政府及地方法院處理或沒入之保育類水生生物。1999年本館正式成立，硬體設施完備，加上專業獸醫之加入，因此收容中心另新增了醫療診治作業的工作。2000年時收容中心業務合併「鯨豚擱淺救援及處理計畫」，開始執行「水生生物收容及照養計畫」迄今。
現中心主要業務包括受傷海龜之救傷、收容、醫療與野放。海龜照護成效卓越，多數於復原後已野放成功。收容中心除被動收容及醫療保育類水生生物外，也積極將所有可得的樣品、病理解剖資料提供各研究單位利用，包括鯨豚血液、組織、菌株等。除此之外，收容中心也持續進行水生生物保育為主題的各項宣導及教育活動，例如舉辦特展、研討會、出版刊物，以及邀請各學校單位參與水生生物之公開野放活動等。期望在收容照護及研究之外，也能有助於提升國人之保育觀念。