過度碳排放導致的全球暖化現像是珊瑚死亡的最大原因之一。海水溫度的提高導致珊瑚逐出必要的共生藻。由於共生藻類提供珊瑚有機營養，因此白化珊瑚缺乏營養導致珊瑚易受疾病的影響而死亡。海水的污染也可能危害珊瑚健康，優養化造成藻類暴增並與珊瑚競爭陽光和空間使得珊瑚白化及死亡。沿海開發和農業不僅導致珊瑚礁的營養物質流失，而且增加水中的沉積物堆積。這些沉積物也可能將珊瑚覆盖，阻礙它們有效地進行光合作用。雖然旅遊本身並不直接危害珊瑚，但遊客無意中踩踏並破壞珊瑚礁，使得著名旅遊地區的礁石嚴重退化。更重要的是，過度捕撈對珊瑚造成嚴重的危害; 魚類不僅對健康的珊瑚礁至關重要，而且有害的捕魚方式如氰化物中毒，能直接導致珊瑚死亡。珊瑚礁也遭受颱風，風暴和強烈波浪的影响，導致沉積物覆蓋。珊瑚也受到一些海洋生物的捕食; 如鸚鵡魚、蝴蝶魚、海蛞蝓、掠食性蝸牛，以及冠冕海星。特别是冠冕海星，是珊瑚（即珊瑚藻）的大量捕食者，冠冕海星爆發可以在幾天內消滅整個珊瑚礁。