位於探索教室1樓，以發現化石的一連串過程做為故事主軸，透過挖掘、復原、比對等遊戲過程，讓參觀者由不同角度認識化石及培養基本常識，並提升對化石與古生物的認識和學習意願。
位於探索教室2樓。遊客可在「海藻迷宮」中的各角落遇到海藻森林中的生物，並從互動中去認識牠們的大小、重量、形狀、行為、聲音、質感等，並從中獲得啟發。而「極地探險」區藉由進入極地生物的遊具世界讓小朋友在安全的環境下遊戲並認識極地生物。
位於探索教室3樓。包含多人及單人的探查艇互動遊戲，以及可檢索四大水域特有生態系的「一點靈海洋百科」查詢台。其內容包含了古代海洋生物及現代海洋生物的CG圖鑑，及其行為丶生態環境等資料，並有保育生物介紹及研究成果等，同時也介紹深層海流循環和湧出原理。