在大廳的左前方，遊客將被高聳的瀑布吸引進入台灣水域館，由此開始進行「水」的旅行。
（點此觀看臺灣水域館入口處即時影像）
台灣河川大都發源於高峻的中央山脈，高山溪流短而急。本項展示將真實環境中，高山溪流河道狹窄，兩岸林蔭濃密﹐溪水冰涼清澈，空氣中瀰漫著霧氣的感覺營造出來。觀眾可以觀賞到河川水面上、下之高山溪流自然生態及珍貴的國寶魚－櫻花鉤吻鮭。
河川中游水流平靜開闊、水溫適宜，水量充裕，藻類繁生，是溪流生物非常豐富的河段。
溪流兩岸的石頭、水生植物與高矮不一的陸生植物交錯，共同構成蛙、蟾蜍、龜、蛇、鼠類、水獺與溪鳥等的棲息場所。此展示窗，鼓勵觀眾近距離觀察水面上、下之兩棲及爬蟲動物生態，並解說河岸環境對穩定水中族群生態之重要性。
水庫明亮寬廣的表層水域、暗而幽冷的底層水域與土石堆積的岩壁，提供了截然不同的多樣生活空間，讓具有不同特性的水庫魚類生物，都能擇其所好，棲居其間。