珊瑚礁谷提供一個戲劇性的水中經驗，藉由頭頂上破浪的感覺，帶動遊客一種在水中潛行的感覺。展示是以亞潮帶生存的生態環境為主，這裡有熙熙攘攘的魚群和在岩縫間穿梭的海鰻。
珊瑚呈現出艷麗的色彩，加上五顏六色的魚群和底棲生物，豐富了灰暗單調的海底世界。這區展示南灣魚類、無脊椎動物及珊瑚的世界。
魚類是脊椎動物中種類最多者﹐約有兩萬八千種，進入此區可藉由互動性展示及視聽媒體等，來探索魚類世界，共計展示四大單元主題：魚類的行動、魚類的感官、魚類的覓食及魚類的生存之道。
此區展示水母，因其體內90%以上由水所組成。水母身體透明柔軟，游動時靠傘周緣膜的收縮向前挺進，停止時可懸浮水層中隨波逐流，是水中大型的浮游動物。
這是台灣水域館中最大的生態展示區，它將帶領您進入一個幾見邊際的海洋世界。大洋是指離岸較遠，特別是水深兩百公尺以上的海域，故此區設計水量高達367.18萬公升，展示窗寬16.1公尺，高4.1公尺，讓遊客可在此駐足感受海的壯闊與人的渺小。其中展示鯊魚、魟魚、鰹魚及海鱺、石斑等數十種大型魚類。