a. 物理
珊瑚礁生態系的潮間帶遍佈潮池,因此在退潮時,生物往往容易被留在潮池中,此時生物需要面臨的首先是海水溫度、鹽度急劇的變化、波浪、沉積物等影響,此外,也有可能面臨水份流失的危機。
b. 化學
部分的珊瑚礁潮間帶地區,因受營養鹽、人為排污等影響,產生優養化的情況,藻類大量繁生,造成水域缺氧,珊瑚礁生態系因此受廣泛影響。
c. 生物
生物因子主要為攝食、競爭、共生與寄生等現象。
沿岸漁業是指我國在領海12浬(1浬=1.852公里)以內從事漁撈的漁業,近年來產量維持在4萬公噸左右,主要作業方式包括刺網、定置網、地曳網、魚苗捕撈等。政府為促進沿岸漁業的永續發展,多年來陸續在沿岸海域設置漁業資源保育區,和人工魚礁區等,並且從事漁貝介類種苗,大量放流,積極改善漁場,富裕漁業資源,同時也輔導漁民,從事海釣、賞鯨船等的娛樂事業,以多元的方式來經營。