臺灣的溪流上游多屬不穩定的脆弱地質，地面易崩塌下移；每每驟雨時，河道產生明顯的沖蝕作用，大量泥沙土石堆積在中下游河床，而人類過於的開墾，使得集水區密集開發，造成地表裸露，水土流失更為嚴重。上游生態環境所面臨的危機大致可分為外在環境壓力與內在溪流生態改變這兩點。
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外在環境壓力有：(1)攔沙壩，攔沙壩會阻隔魚類的移動，縮小族群分布範圍，並會在攔砂壩上游淤積沙石，造成魚類棲地單一化，減少魚種的多樣性。(2)颱風豪雨，許多魚種被沖至下游後即無法再行上溯回到原棲息地，更會造成攔沙壩上游河段部份魚種消失。
內在溪流生態改變有：(1)森林大量墾伐，造成植被減少，因缺乏遮蔭而使得水溫上升。(2)溪岸環境的破壞，使得土石裸露侵蝕增加，造成水土流失、含沙量與淤積度增加(3)溪流改道和溪流型態改變(4)砂石堆積河床(5)懸浮固體物增加和混濁度增加(6)人類大量施用肥料與農藥，造成有機污染、營養鹽增加、藻類優養化和毒物污染。
【中游】
魚類多樣性的精華區集中在河川中游，相對地遭受的威脅也最多。
例如：
(1)因上游的森林開墾與農業化的威脅持續增加。
(2)非法電魚、毒魚與網魚等行為，對魚類的繁衍生存造成傷害。
(3)河道興建水泥護岸與截彎取直，同時清除溪流植物與大型底石，造成河道溝渠化與棲地環境單一化，減少了魚類棲息空間與存活機會，僅能供給少部分的魚類棲息。
(4)外來種的入侵，不當的引入或是放生，嚴重地影響原生物種的生存。
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河川中游的破壞原因非常多，在這些破壞原因中，最具殺傷力的就是棲地毀滅。棲地遭受破壞，往往在多重因素集合下，而使得大量的土石流入溪流中，掩埋了魚、蝦、蟹、貝等水族原本賴以渡過冬天枯水季的潭區，覆蓋了牠們產卵繁殖時所必需的淺灘區，或是掩埋了原本河床中的礫石，使得魚類攝食的底藻、水中昆蟲無法繁生，而終至滅亡。
河川中、上游常見的另一種改變淡水溪流生態的原因，就是水庫的建設。建一座上百公尺高的水庫，不但直接阻絕了河川中迴游魚類的生活史，更使得壩上方幾十平方公里生意盎然的山溪及林野生態區，完全變成幾百公尺水深的幽暗世界，而在壩下方的河川則因為水量的驟減，而深遠地影響了原來河川生存水族的種類及數量。
【下游】
下游地區最大的威脅是來自於污染。人口集中於平原區；工廠廢水、養殖業污水與家庭廢污水，沒經過污水處理直接排入溪流中。部份垃圾場直接設置在河川行水區。這些污染源，造成臺灣地區多數河川中下游已達中度與嚴重污染；許多耐受性低的魚類無法在中下游存活，例如：洄游性的鱸鰻、白鰻、日本禿頭鯊與溪鱧，因為無法越過下游污染區，幾乎在許多主要河川中消失；以往在中北部有相當數量的香魚，因為短暫的生命史必需進行洄游，而卻因污染與水壩等原因消失了。此外，沿河岸建築堤防與開採砂石等，減少河川生物的棲地多樣性， 許多池沼渠道，因人為的填池造地與改建成水泥化水溝等，完全無法提供魚類棲息，造成許多棲息於平原水域的魚類滅絕或是形成少數的點狀分布的小族群，在人為開發越來越激烈的情形下，這些魚類正面臨存亡之秋。