【生物種類密度高】
臺灣海域在每單位面積裡生物種類數量是名列世界前矛的，臺灣整個島佔地球面積不到萬分之一，現有的海洋生物種類卻達全世界十分之一多。包括已記錄大型海洋生物如魚類3,000種、珊瑚礁區最美麗的蝶魚有43種，是全球各地之冠，故臺灣除了蝴蝶王國外，也可稱為蝶魚王國。其他如海藻600種、珊瑚250種，軟體動物，例如貝類2,500種、甲殼類動物，如蝦蟹類達600種、棘皮動物有150種以上……。
【周圍皆為高生產力的漁場】
全世界海岸線總長大約是44萬公里，臺灣海岸線則約有1,000多公里佔了總長的四百分之一，但若以浮游動物的生產力來比較，臺灣的主要捕魚場海域每天可以在每平方公尺裡的海水中生產出250毫克碳以上，佔了全世界海岸百分之一，臺灣海域可以說是擁有最高生產力來涵養魚群的優良海域。此外，臺灣海域溫度適當，水流循環旺盛，雨水河水沖刷，造成河口沿岸近海營養鹽豐富，及河口、沿岸海域中鹽度不算太高的海水（蚵仔在鹽度千分之十七的海水中最適合成長，蝦仔則需要河口，瀉湖成長快），蚵仔、蝦仔是食物鏈的一個環節，能夠蘊育魚源。而臺灣海流部份支流在宜蘭沿海湧升（引測到底部上升冷水團），三貂角到蘇澳的大海灣外有龜山島屏障，內有湧升流，故為重要鮫仔、鯖科及多種大型魚魚場，南部枋寮一帶就像淡水河口躲掉強湧浪，位置近端點成為第三個鮫仔魚場。 臺灣除了水循環旺盛外，亦有豐富的能量流動，由微生物迅速地分解腐質，生產者被消費者利用，透過吸收、同化等作用來貯存能量而使高階生物能生長、繁殖，例如文蛤、牡蠣濾食浮游生物、有機質，而文蛤、牡蠣被底棲性的魚類所食，最後這些魚類則被大型魚如白腹仔、鯊魚所捕食，形成了多層的營養階級，因為臺灣生產者種類多，同一營養層生物種多可以形成有效率的綿密的食物網而造成有效率的生態系統能量流動。
早期臺灣人口少，尚未工業化前，沒有過漁（過度使用漁業資源）和污染問題，臺灣海洋生態系統不斷進行物質和能量交換轉移，這樣形成了一種物質和能量連續輸入和輸出趨向於平衡狀態，生產者、消費者、分解者構成完整金字塔形成營養結構，這時生態系統中的有機體數目最大、生物量最大、生產力也最大，這種生態系統內部平衡狀態是長期生態適應的結果，臺灣由於生物種多，能量和物質循環（大自然營力—海流、湧浪、風力等）途徑複雜，故生態系統容易保持穩定而形成最大生物量，這也就是早期臺灣海域連岸邊都可輕易捕獲大魚，近海魚群都多得捕不完的原因，但是現今因為人類過度捕撈的結果，臺灣近海漁獲已不如以往了。
【臺灣海域是許多海洋生物的分布臨界】
臺灣的竹圍是地球上紅樹林（水筆仔純林）分佈的最北界，蘭嶼也是海蛇分佈最北界，臺灣恆春半島南端也是地球上珊瑚礁分佈的北方次極限（再高緯度祇剩稀疏的耐寒珊瑚群眾）沖繩沾臺灣洋流高溫的光成為真正最北界，而中國、香港、美國西岸並沒有珊瑚。
【海岸類型眾多】
臺灣島最北端的富貴角、麟山鼻、石門等北面海岸是由大屯火山熔岩流與海水相接觸冷卻後所形成岬角海岸，提供了海洋生物堅硬的安山岩底質。北部海岸北端東北側方向迎接（十月至三月）東北季風，經常巨浪滔天，形成火山腳下的海蝕地形，跳石海岸巨礫灘是一特色，西南海岸則因背風形成沙岸。臺灣島最南端墾丁一帶則是生物(珊瑚)造陸的隆起珊瑚礁海岸，海域裡密布現在珊瑚，成為生物多樣性最高的珊瑚礁生態系。臺灣濱海生物種類特多，沿海、近海、外洋生態系因各式環境生態因子特殊獨特，造成臺灣特有海岸生態特色。
【海流變化多樣】
臺灣沿海有變化多端的沿岸流波浪，（湧浪到岸邊能量轉化成沿著海岸方向的海流），稍外則有往返而迴流的潮汐流，漲6小時12分後回去同樣造成潮汐回流，更外海則是臺灣洋流（特色為往北方流）這些海流加上區域性風吹造成的海流則提供臺灣海域生態足夠能量，送來食物(浮游生物或有機質)，送走生物產生的廢物，也讓各種生物幼生可隨海流流到適當環境生存。
【沿岸生產力高】
臺灣東部、東北部海蝕平臺在冬末春初一片綠油油長滿石蓴、滸苔等綠藻，生長迅速，14天可收成一次，褐藻及珊瑚藻在低潮淺繁生、蜈蚣藻、浪花藻、馬尾藻等則在亞潮帶生長，海洋動物直接或間接靠海水表面的植物過活，這些單細胞微細藻靠營養鹽（如硝酸鹽或磷酸鹽）而成長，矽藻快的一天分裂繁殖兩次，慢者兩天一次，臺灣東北角附近海域常有湧升現象形成營養鹽豐富，進而在陽光充足、溫度合適下形成浮游生物密度極高現象，進而吸引魚群密集，在河口附近或是由陸地雨水逕流帶下陸源性營養鹽或是紅樹林有機質都會造成生態活潑現象。也就是說臺灣沿海有優異生態系，先是陽光、溫度、藻類葉綠體在營養物質充份下（湧升或陸源）形成高基礎生產力，這些有機質又引被草食動物消費，大魚吃小魚形成食物網，而形成極有特色的臺灣海洋生態。
【海洋生態系類型眾多】
除了極為寒冷的極地生態系及特殊昆布生態系，世界上幾乎所有的生態類型都可以在臺灣發現得到，如此多樣化的生物棲地當然才能造就多樣的生物種類，許多國外的研究專家學者，都對於臺灣這塊寶島有著相當大的興趣，除了河口、灘地、岩礁及珊瑚礁生態系外，臺灣還擁有大洋生態系及深海生態系，尤其是許多生長在深海的生物的形態及生理行為超出許多專家的想像，更是受到舉世的注目。